Originalmente el Programa contenía ocho líneas de investigación, o de generación y aplicación del conocimiento, que se consideraban pertinentes para el desarrollo de trabajos de investigación bajo el marco de este programa:
En 2010 la reestructuración concluyó con la formación de 5 LGAC, las cuales fueron aprobadas en la reunión del Comité Académico celebrada el 30 de septiembre del 2010 y entraron en operación a partir del 1 de enero del 2011, por lo que se realizó una nueva re-estructuración de los PTC en las nuevas LGAC, además de la asociación de los alumnos a partir de la generación del 24 de enero de 2011, por lo que la distribución de PTC y alumnos en las LGAC hasta la generación que ingresó el 21 de enero de 2013 está constituida de la siguiente manera: LGAC No. de PTC por LGAC Alumnos por LGAC .
Quedando en una relación de alumnos/profesor de 1.56, contando con 60 profesores que dirigen tesis de manera directa, dentro de las LGAC de una planta total de 70 profesores.